被挂靠公司与发包人结算对实际施工人一般是有效的。具体分析如下：
在实际施工人（挂靠人）挂靠被挂靠公司进行施工的情况下，虽然挂靠行为本身可能导致建设工程施工合同无效，但挂靠人作为实际施工人，其付出的劳动已经物化在工程中，因此享有获得工程款的权利。当被挂靠公司与发包人进行结算时，该结算行为通常被视为发包人与实际施工人就工程价款折价补偿所达成的合意，结算行为有效。
对挂靠人（实际施工人）而言：在挂靠关系中，尽管建设工程施工合同可能因挂靠而无效，但如果发包人与实际施工人签订了《结算协议》，并且在工程竣工验收合格的情况下，从减少诉讼、促进经济发展的角度，应认定当事人结算的意思表示真实，并予以保护。如果发包人不履行结算协议付款义务，实际施工人向法院请求支付，应视为实际施工人对于折价补偿权利的行使，人民法院可以将该结算协议作为工程价款的结算依据。
对发包人而言：在与实际施工人进行结算时，发包人需要注意结算协议的效力，并确保结算行为不是恶意串通形成的。在没有证据证明结算行为存在恶意串通、损害被挂靠公司利益等无效情形的情况下，结算协议对发包人具有法律约束力。
对被挂靠公司而言：其与挂靠人之间的实际权利义务关系通常限于因管理费形成的挂靠关系，而不涉及因工程款形成的建设工程施工合同关系。当被挂靠公司明知发包人与实际施工人形成工程款结算协议的情况下，该结算协议对被挂靠公司也具有法律约束力。
综上所述，被挂靠公司与发包人的结算行为对实际施工人一般是有效的。但需要注意的是，具体情况可能因案件事实、证据材料以及法律法规的变化而有所不同。因此，在实际操作中，建议各方当事人咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有相关法律问题，可以直接向我提问，我擅长处理合同纠纷、刑事辩护以及知识产权等领域的法律问题。