担保人被扣款后，并不需要等扣完款才能起诉欠款人。
在担保关系中，担保人一旦因履行担保责任而被扣款，其合法权益便受到了损害。根据《中华人民共和国民法典》第七百条的规定，担保人在承担保证责任后，有权在其承担保证责任的范围内向债务人（即欠款人）追偿。这一权利是法律明确赋予担保人的，旨在保护其合法权益不受侵害。
具体来说，担保人起诉欠款人需要满足以下条件：
有具体的诉讼请求和事实、理由：担保人需要明确自己要求欠款人偿还的代偿款项金额，以及这一要求所基于的事实和理由，如担保合同、贷款合同、资金划扣凭证等。
案件属于受诉人民法院管辖：担保人需要根据法律规定和合同约定，选择有管辖权的法院提起诉讼，通常是欠款人住所地或合同履行地法院。
在满足上述条件后，担保人即可撰写并提交起诉状，参与诉讼过程，通过法律途径维护自身合法权益。需要注意的是，担保人不能直接划扣欠款人的账款，而应通过法律途径进行追偿，且应在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
综上所述，担保人被扣款后，无需等待扣完款即可根据法律规定起诉欠款人，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。