非法经营中收取保证金是违法的。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
非法经营，是指未经许可经营专营、专卖物品或其他限制买卖的物品，买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件，以及从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。而保证金，通常指在合同或法律程序中，为保证某种义务或责任的履行而缴纳的一定数额的金钱。
法律分析
非法经营的本质：非法经营的本质是违反了国家关于特定商品或服务经营许可的法律制度，属于违法行为。
保证金的合法性：保证金本身并非非法，但在特定情境下，如非法经营中收取，则可能构成违法。因为非法经营行为本身就不受法律保护，基于该行为收取的任何费用（包括保证金）都缺乏法律基础。
法律后果：在非法经营中收取保证金，不仅可能面临因非法经营而产生的法律责任（如罚款、没收违法所得、甚至刑事责任），还可能因收取保证金的行为被认定为欺诈或不当得利，从而承担额外的法律责任。
结论
综上所述，非法经营中收取保证金是违法的。这种行为不仅违反了国家关于经营许可的法律制度，而且基于非法行为收取的费用也缺乏法律基础。因此，建议任何单位或个人在从事经营活动时，务必遵守国家法律法规，不要从事非法经营活动，也不要在非法经营中收取任何形式的保证金。如有任何疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。