公司工资分两部分发是否合法，这个问题不能一概而论，需要根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

结论前置

公司工资分两部分发放，在符合相关法律法规和劳动合同约定的前提下，是合法的。但若存在逃避纳税、低于最低工资标准或掩盖加班工资等违法行为，则是不合法的。

合法的情况

1. 合理的薪酬结构设计：公司可以将工资分为基本工资、绩效工资、奖金、补贴等多个部分，只要这些部分在劳动合同中有明确约定，且总额不低于当地最低工资标准，就是合法的。例如，销售岗位的基本工资+提成模式，或者基本工资+年终奖的形式，都是常见的合法薪酬结构。

2. 遵守劳动合同与法律法规：公司在拆分工资时，必须确保遵守劳动合同中的约定，以及《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》等法律法规的要求。具体来说，工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠；同时，对于需要计税的部分，公司必须依法履行代扣代缴义务。

3. 保障员工权益：拆分工资后，公司应确保员工的基本工资部分不低于当地最低工资标准，以保障员工的基本生活需求。此外，公司还应确保工资支付的透明性和公正性，避免出现恶意拆分、逃避责任等行为。

违法的情况

1. 逃避纳税义务：如果公司拆分工资的主要目的是为了逃避个税或其他税费，如通过现金、实物等形式发放部分工资以规避税收监管，那么这种行为是违法的。

2. 低于最低工资标准：如果拆分后的基本工资部分低于当地最低工资标准，或者虽然名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际发放时存在克扣、拖欠等行为，那么这种拆分方式也是违法的。

3. 掩盖加班工资等问题：如果公司通过拆分工资的方式掩盖加班工资、混淆工资构成等，使员工难以计算自己的加班工资或实际收入，那么这种行为同样构成违法。

综合建议

对于公司而言，在设计薪酬结构时，应充分考虑法律法规的要求和员工的权益保障。对于员工而言，如果对公司工资支付方式有疑问或担忧，可以及时与公司沟通并咨询当地劳动保障部门或专业律师的意见。在任何情况下，都应确保工资的合法性和合理性，以维护劳动关系的和谐与稳定。