以公司名义收取民工工资保证金是否合法，需根据具体情况来判断。
首先，我们要明确的是，工资保证金制度本身是为了保障农民工的合法权益，确保他们能够按时足额拿到工资而设立的一种制度。这一制度在《保障农民工工资支付条例》等法律法规中有所体现，其初衷是积极的，也是合法的。
然而，在具体实施过程中，如果公司以自己的名义收取民工工资保证金，并且没有按照相关法律法规的规定进行操作，比如没有将保证金存入指定的银行账户、没有接受相关部门的监管、或者没有按照约定及时支付农民工工资等，那么这种行为就可能构成违法。
具体来说，以下几种情况可能构成违法：
未经许可擅自收取：如果公司没有获得相关部门的许可或者授权，就擅自以自己的名义收取民工工资保证金，那么这种行为可能构成非法集资或者乱收费，是违法的。
未按规定使用保证金：即使公司有权收取保证金，但如果它没有按照法律法规或者合同约定的方式使用这些保证金，比如挪用、侵占或者拒绝支付农民工工资，那么这种行为也是违法的。
缺乏透明度和监管：如果公司在收取和使用保证金的过程中缺乏透明度，没有接受相关部门的监管，或者没有向农民工提供足够的信息和说明，那么这种行为也可能构成违法。
因此，公司在收取民工工资保证金时，必须严格遵守相关法律法规的规定，确保自己的行为合法合规。同时，农民工也应该了解自己的权益和义务，如果遇到公司违法收取或者使用保证金的情况，可以及时向相关部门举报或者寻求法律援助。
如果你在这方面有具体的法律问题或者疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。