当检方退侦两次并做出证据不充分不予起诉的决定后，公安机关的后续处理方式主要遵循以下法律规定和程序：
一、核心结论：
公安机关在接到检察院不予起诉的决定后，若认为有必要，可重新进行侦查或补充证据，但受限于补充侦查的次数（两次为限）和时限（每次一个月）。若两次补充侦查后仍证据不足，公安机关应尊重检察院的不起诉决定，并依法处理相关后续事宜。
二、详细分析：
补充侦查的结束与不起诉决定的效力：
- 根据《刑事诉讼法》第一百七十五条，补充侦查以二次为限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
- 不起诉决定一旦作出，即具有法律效力，公安机关应依法执行，不得再行退侦或继续羁押犯罪嫌疑人。
公安机关的后续处理：
- 释放与解除措施：公安机关应立即释放被羁押的犯罪嫌疑人，并解除对其采取的强制措施，如取保候审、监视居住等。
- 财物处理：对于在侦查过程中查封、扣押、冻结的财物，公安机关应依法予以解除或按照法律程序处理。
- 案件归档与总结：公安机关应对案件进行归档，总结侦查过程中的经验教训，为后续类似案件提供参考。
新证据的发现与处理：
- 若在之后重新发现了足以支持起诉的新证据，公安机关应及时将新证据移送检察院，由检察院依法决定是否重新启动公诉程序。
被害人的权利保障：
- 对于有被害人的案件，检察院应将不起诉决定书送达被害人。被害人不服的，可在收到决定书后七日内向上一级检察院申诉，请求提起公诉。
- 公安机关应配合检察院做好被害人的解释和安抚工作，确保被害人的合法权益得到保障。
三、法律建议：
- 对于公安机关而言，应严格遵循法律程序，尊重检察院的不起诉决定，依法处理后续事宜。
- 对于犯罪嫌疑人及其家属而言，若对不起诉决定有异议或需要法律帮助，可及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务。
- 对于被害人而言，若对不起诉决定不服，可依法向上一级检察院申诉，维护自己的合法权益。
综上所述，当检方退侦两次并做出证据不充分不予起诉的决定后，公安机关应依法执行不起诉决定，并妥善处理后续事宜。同时，各方当事人也应依法行使自己的权利，维护法律的公正和权威。