首先，我们要明确一点：当中标单位因建设单位方案变更，在6年后才签定合同，并且此时出现了新的定额，这确实是一个比较复杂的问题，需要综合考虑合同约定、法律法规以及实际情况来做出决策。

1. 查看合同条款：

   • 首先，要仔细查看原招标文件、中标通知书以及后续签定的合同中是否有关于方案变更、定额调整或价格调整的相关条款。
   • 如果合同中有明确约定，在方案变更或定额调整时如何处理，那么应当按照合同约定执行。

2. 考虑法律法规：

   • 如果没有明确的合同条款，或者合同条款与现行法律法规相冲突，那么需要参考相关法律法规来确定处理方式。
   • 例如，在建设工程领域，可能涉及到《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等法律法规，这些法律法规中可能有关于合同变更、价格调整等方面的规定。

3. 协商与谈判：

   • 在法律框架内，双方可以通过协商与谈判来解决定额变化带来的问题。
   • 可以考虑根据实际情况调整合同价格，或者通过其他方式（如增加工程量、调整施工范围等）来平衡双方的利益。

4. 考虑实际情况：

   • 除了法律因素外，还需要考虑实际情况，如工程进展、双方合作关系、市场变化等。
   • 如果定额变化对中标单位造成了较大影响，而建设单位又希望继续合作，那么双方可以寻求一种互利共赢的解决方案。

5. 寻求专业意见：

   • 如果在处理过程中遇到复杂或争议较大的问题，建议咨询专业的法律或造价咨询机构，以获取更专业的意见和建议。

综上所述，处理这类问题需要综合考虑多个方面，包括合同条款、法律法规、实际情况以及双方的合作意愿等。如果你在具体操作中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。