在申请仲裁确认劳动关系的过程中，仲裁机构可能会给单位打电话询问相关情况，但这并不是必经程序。具体是否打电话，以及打电话的内容和目的，会根据实际情况和仲裁机构的工作流程而定。
仲裁机构的工作流程：
- 仲裁机构在受理申请后，会依法进行审查，包括审查申请人提供的证据材料，以及根据需要调查收集相关证据。
- 在这个过程中，仲裁机构可能会通过电话、函件等方式向单位了解相关情况，如劳动关系的存在、劳动合同的签订、工资支付等。
可能的情况分析：
- 如果申请人提供的证据材料充分且明确，仲裁机构可能不需要再向单位询问就能作出裁决。
- 如果申请人提供的证据材料不足或存在争议，仲裁机构为了查明事实，可能会向单位进行询问或要求单位提供相关证据。
单位的应对：
- 如果单位收到仲裁机构的询问电话或函件，应当积极配合，如实提供相关信息和证据。
- 如果单位拒绝配合或提供虚假信息，可能会影响仲裁结果的公正性，并可能承担相应的法律责任。
综上所述，申请仲裁确认劳动关系时，仲裁机构可能会给单位打电话询问相关情况，但这不是绝对的。无论是否打电话，单位都应当如实提供相关信息和证据，以配合仲裁机构查明事实并作出公正裁决。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。