关于组织不合规的包车如何处罚，这主要涉及到道路运输管理方面的法律规定。以下是根据不同情况可能面临的处罚措施：
未取得道路运输经营许可擅自从事包车客运：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未取得道路运输经营许可，擅自从事包车客运等道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
包车客运经营者未按规定使用包车客运标志牌：
- 包车客运经营者应当持有效的包车客运标志牌进行经营，未按规定使用或者转让、出租、伪造包车客运标志牌的，由县级以上道路运输管理机构责令改正，处1000元以上3000元以下的罚款。
包车客运经营者未按照约定的时间、起始地、目的地和线路运输：
- 包车客运经营者应当按照包车合同的约定进行运输，未按照约定的时间、起始地、目的地和线路运输的，由县级以上道路运输管理机构责令改正，处1000元以上5000元以下的罚款；情节严重的，由原许可机关吊销道路运输经营许可证。
其他违规行为：
- 对于包车客运中的其他违规行为，如超载、超速、未按规定进行车辆维护等，也将根据相关法律法规进行相应的处罚。
综上所述，组织不合规的包车可能会面临停止经营、没收违法所得、罚款甚至追究刑事责任等处罚措施。因此，建议从事包车客运的经营者务必遵守相关法律法规，确保合规经营。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。