未持有包车合同，根据具体情况不同，处罚措施也会有所差异，主要分为对客运经营者的处罚和对道路运输管理机构工作人员的处罚两大类。以下是对这一问题的详细分析：
对客运经营者的处罚：
- 法律依据：根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关规定，客运经营者未持有效的包车客运标志牌进行经营的，或者不按照包车客运标志牌载明的事项运行的，或者线路两端均不在车籍所在地的，或者招揽包车合同以外的旅客乘车的，由县级以上道路运输管理机构责令改正，处1000元以上3000元以下的罚款。
- 处罚措施：对于未持有包车合同或未按照合同规定运行的客运经营者，道路运输管理机构将责令其改正，并处以罚款。罚款的金额根据违规情节的严重程度而定，一般在1000元至3000元之间。
对道路运输管理机构工作人员的处罚（如涉及违规操作）：
- 法律依据：如果道路运输管理机构的工作人员在包车客运标志牌的发放和管理过程中存在违规行为，如不按照规定的条件、程序和期限组织受理申请及颁发客运标志牌，或者发现违法行为不及时查处等，也将受到相应的处罚。
- 处罚措施：根据违规情节的严重程度，道路运输管理机构的工作人员可能面临责令改正、通报批评等行政处分。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
额外提醒：
- 包车合同是客运经营的重要凭证，它明确了客运经营者与旅客之间的权利和义务关系。因此，客运经营者应严格遵守相关规定，确保包车合同的合法性和有效性。
- 旅客在选择包车服务时，也应要求客运经营者出示有效的包车合同和客运标志牌，以保障自己的合法权益。
在处理此类问题时，建议客运经营者及时与道路运输管理机构沟通，了解具体的违规情况和处罚措施，并积极配合整改工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。