对于安全检查不合格的包车客运，处罚措施主要依据相关法律法规进行，具体如下：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关规定，如果包车客运车辆的安全检查不合格，道路运输管理机构有权责令其进行整改。
   • 整改期间，该车辆可能面临停运的处罚，直至其达到安全标准并通过重新检查。
   • 对于拒不整改或整改后仍不合格的，道路运输管理机构可以依法给予罚款、吊销相关运输证件等更严厉的行政处罚。

2. 经济处罚：

   • 罚款是常见的经济处罚方式，具体金额根据违规情节的严重程度和当地相关法规的规定而定。
   • 除了直接罚款外，还可能面临因停运而产生的经济损失，如乘客退票费用、车辆闲置成本等。

3. 其他措施：

   • 对于严重违规或多次违规的包车客运企业，道路运输管理机构还可能采取限制其业务范围、降低其信用等级等措施。
   • 在极端情况下，如果违规行为构成犯罪，如因车辆安全问题导致重大交通事故，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。

综合建议：

• 包车客运企业应严格遵守相关安全规定，定期对车辆进行安全检查和维护，确保车辆处于良好的运行状态。
• 一旦发现车辆存在安全隐患，应立即进行整改，并主动向道路运输管理机构报告，避免因此受到不必要的处罚。
• 如果对处罚决定有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，务必确保所有操作都符合法律法规的要求，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。