农客违规包车的处罚需根据具体违规情形，结合《道路旅客运输及客运站管理规定》《中华人民共和国道路运输条例》等法规综合判定，常见处罚方式如下：

1. 对客运企业的处罚

   • 未取得包车资质运营：若企业未取得道路运输经营许可擅自从事包车业务，根据《道路运输条例》第六十三条，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营，没收违法所得，并处违法所得2-10倍罚款（无违法所得或不足2万元的，处3-10万元罚款）；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
     
   • 超越许可范围经营：企业虽取得许可但超出核定范围（如跨区域包车未备案），根据《道路旅客运输及客运站管理规定》第九十九条，责令改正，处1000-3000元罚款；情节严重的，吊销相应许可。
     
   • 未按规定备案包车合同：包车合同未向运管机构备案的，依据《道路旅客运输及客运站管理规定》第九十九条，责令改正，处1000元罚款。

2. 对驾驶员的处罚

   • 未持有效从业资格证：驾驶员未取得道路运输从业资格证驾驶包车，根据《道路运输条例》第六十四条，由运管机构责令改正，处200-2000元罚款；构成犯罪的，追究刑责。
     
   • 违反安全操作规程：如超速、超载、疲劳驾驶等，依据《道路交通安全法》及实施条例，由公安交管部门处200-2000元罚款，可并处吊销驾照；造成事故的，依法承担刑事责任。

3. 对车辆本身的处罚

   • 车辆技术状况不达标：包车车辆未按规定维护或检测不合格，根据《道路运输条例》第七十条，责令改正，处1000-5000元罚款；情节严重的，吊销车辆运营许可。
     
   • 使用非营运车辆包车：若使用未取得营运资质的车辆从事包车，车辆可能被扣押，并根据《道路运输条例》第六十三条对车主处3-10万元罚款。

特殊情形说明：

• 若违规包车涉及“黑车”运营（即完全无资质的非法营运），处罚力度通常更大，可能面临更高额罚款甚至刑事处罚。
  
• 若违规行为导致重大安全事故，企业负责人、直接责任人可能因“重大责任事故罪”被追究刑事责任（《刑法》第一百三十四条）。

建议：
若您或您的企业涉及农客包车业务，务必确保企业资质、车辆技术、驾驶员资格均符合法规要求，并严格备案包车合同。如已因违规被处罚，可结合具体违规情节（如是否初犯、是否造成危害后果等）申请行政复议或诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。