当当事人拒不配合没收非法财物时，行政机关可以依法采取一系列措施来处理。以下是对此问题的详细解答：
下达责令改正通知书：
- 行政机关会首先向当事人下达责令改正通知书等书面文件，明确要求其配合没收非法财物的决定，并履行自身应尽的义务。
调查取证与固定证据：
- 如果当事人依旧不予配合，行政机关将展开调查取证工作，通过收集相关证据来固定事实，为后续处理提供坚实的依据。
实施行政处罚：
- 根据具体情形，行政机关可以对当事人实施行政处罚，如罚款、没收违法所得等。这些处罚措施旨在促使当事人遵守法律法规，并配合行政机关的工作。
移送司法机关：
- 如果当事人的拒不配合行为已经触犯刑法，构成犯罪，那么行政机关应当将案件移送至司法机关，由司法机关来追究其刑事责任。这一步骤体现了行政机关与司法机关之间的衔接与配合，共同维护社会秩序和公共利益。
综上所述，行政机关在面对拒不配合没收非法财物的当事人时，会依法采取多种措施来促使其配合工作。这些措施既包括下达责令改正通知书、调查取证与固定证据等行政手段，也包括实施行政处罚、移送司法机关等法律手段。行政机关的目的是维护行政管理秩序和公共利益，确保各项行政工作的顺利进行。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。