一般来说，如果员工在上班期间犯错，公司不能简单地扣除其假期工资作为惩罚。员工的工资是其劳动的对价，只要员工提供了劳动，公司就应当支付相应的工资。而假期是员工的合法权益，不应因工作失误而被剥夺。

然而，具体情况还需根据公司的规章制度以及劳动合同的内容来确定。如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了某些特定情况下可以扣除假期工资，且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司在这些特定情况下可能有权扣除假期工资。

但请注意，即使公司有权扣除假期工资，也必须遵循合法、合理、公平的原则，并确保扣除的金额与员工的过错程度相匹配。如果员工对公司的处理决定有异议，可以通过与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。

总的来说，公司在处理员工犯错问题时，应当遵循法律法规的规定，尊重员工的合法权益，并采取合理、公正的措施来解决问题。