对于“5000工资上税是应发还是实发”的问题，我们可以明确以下结论：

在计算个人所得税时，通常是以实发工资（即扣除五险一金后的工资）为基础进行计算的。也就是说，5000元的工资在扣除社保公积金个人缴纳部分后，若剩余金额未达到个人所得税起征点（即5000元），则不需要缴纳个人所得税，税后实发工资即为扣除社保公积金后的金额。

详细分析如下：

1. 应发工资与实发工资的区别：

   • 应发工资：是指劳动者在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的工资报酬，它包含了社保公积金个人缴纳部分、个人所得税等扣除项目之前的金额。
   • 实发工资：是指劳动者实际到手的工资，它是在应发工资的基础上扣除了社保公积金个人缴纳部分、个人所得税等费用后的金额。

2. 个人所得税的计算：

   • 个人所得税的计税基础是实际发放的工资总额，即在扣除法定缴纳的五种社会保险和一项公积金之后的剩余金额。
   • 如果应发工资在扣除社保公积金个人缴纳部分后的金额未达到个人所得税起征点（5000元），则不需要缴纳个人所得税。

3. 具体计算示例（以北京地区为例）：

   • 假设某员工的月工资为5000元，社保公积金个人缴纳比例为：养老保险8%、医疗保险2% + 3元、失业保险0.2%、住房公积金12%。
   • 则社保公积金个人缴纳总额为：5000 * (8% + 2% + 0.2% + 12%) + 3 = 1113元。
   • 扣除社保公积金后的工资为：5000 - 1113 = 3887元。
   • 由于3887元低于个人所得税起征点5000元，因此不需要缴纳个人所得税。
   • 所以，该员工的税后实发工资为3887元。

综上所述，5000元工资在计算个人所得税时是以实发工资为基础的。如果扣除社保公积金后的实发工资未达到个人所得税起征点，则不需要缴纳个人所得税，税后实发工资即为扣除社保公积金后的金额。