乡镇房产证的管理涉及多个部门，但最终由县级以上地方人民政府的房地产行政主管部门负责统一登记造册和核发不动产权属证书。以下是详细的解析：

1. 前期审批与规划管理部门：

   • 乡镇政府或街道办事处：负责农村宅基地和房屋建设的初步审批，包括申请人资格、拟建房位置是否符合乡村规划等。
   • 自然资源部门：负责农村宅基地和房屋建设的规划管理，审查用地是否符合土地利用总体规划。

2. 不动产登记部门：

   • 具体为县级不动产登记机构，负责受理、审核农村房屋的不动产登记申请，并进行实地查看、权籍调查等工作。审核无误后，将房屋信息记载于不动产登记簿，并向申请人核发不动产权证书。

3. 档案管理部门：

   • 县级不动产登记机构还负责管理不动产登记档案，确保档案的安全和完整。

在实际操作中，虽然可能涉及乡镇政府、村委会等多部门的协作与分工，但最终的权属证书发放和登记管理权限仍归属于县级以上地方人民政府的房地产行政主管部门。因此，如果您需要办理乡镇房产证或相关事宜，建议直接咨询并前往当地的房地产行政主管部门或不动产登记机构进行办理。