当60岁以上的农民工在工作中受伤时，其赔偿问题需依据相关法律法规并结合实际情况进行处理。以下是一套清晰、详细且有深度的赔偿申请流程：
一、确认劳动关系与工伤认定
劳动关系确认：
- 首要步骤是确认受伤农民工与用人单位之间是否存在劳动关系。尽管农民工已超过60岁，但如果其与用人单位签订了劳动合同或存在长期稳定的用工关系，并仍在从事劳动且未享受养老保险待遇，则仍应视为劳动者。
- 若未签订劳动合同，但存在如工资支付记录、工作证、考勤记录等能够证明劳动关系的证据，也可视为存在劳动关系。
工伤认定：
- 在确认劳动关系后，需进行工伤认定。根据《工伤保险条例》，职工在工作时间和工作场所内因工作原因受到事故伤害的，应认定为工伤。
- 用人单位应在事故发生后30日内向社会保险行政部门提出工伤认定申请。若用人单位未提出，受伤农民工或其近亲属可在事故伤害发生之日起一年内直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。
- 申请时需提交相关材料，如工伤认定申请表、医疗诊断证明等。
二、劳动能力鉴定
- 经治疗伤情相对稳定后，若存在残疾或影响劳动能力，受伤农民工可向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定。
- 劳动能力鉴定结果将作为确定伤残等级和赔偿标准的重要依据。
三、赔偿项目与标准
一旦认定为工伤，受伤农民工可享受以下赔偿项目：
- 医疗费用：包括治疗工伤所需且符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的费用。
- 停工留薪期工资：在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付，一般不超过12个月。
- 护理费：生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责；评定伤残后需要护理的，根据护理等级确定相应护理费支付标准。
- 一次性伤残补助金：根据伤残等级确定，如七级伤残为13个月的本人工资，八级伤残为11个月的本人工资等。
- 其他费用：如住院伙食补助费、交通食宿费、辅助器具费等，按照相关规定执行。
对于超过法定退休年龄的农民工，部分地区可能不支持一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金，但具体情况需咨询当地社保部门。
四、赔偿流程与注意事项
协商赔偿：
- 首先尝试与用人单位协商解决赔偿事宜，这是最为直接且高效的方式。
劳动仲裁或诉讼：
- 若协商不成，受伤农民工可依法向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼。
- 在此过程中，建议寻求专业律师的帮助，以更好地维护自身合法权益。
关注政策差异：
- 不同地区对于超龄农民工工伤赔偿的政策可能存在差异，受伤农民工需密切关注当地的相关规定和政策变化。
综上所述，60岁以上农民工在工作中受伤后，应首先确认劳动关系并进行工伤认定，随后进行劳动能力鉴定以确定伤残等级和赔偿标准。在赔偿过程中，受伤农民工应积极与用人单位协商，并关注当地政策差异。若协商不成，可依法申请劳动仲裁或提起诉讼以维护自身权益。