当员工医疗期满，提交医院请假证明给公司但公司不批假时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 明确法律依据：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有休假的权利，且该权利的行使无须单位批准。若医疗期满仍需治疗，可与公司协商延长医疗期，公司应限时答复。

2. 与公司沟通：

   • 首先，尝试与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，明确表达自己的医疗情况和需要继续休假的理由，同时提供医疗机构开具的相关证明。
   • 如果公司不批准病假，可以要求其给出明确的拒绝理由，并尝试协商其他解决方案，如调整工作岗位、提供远程工作机会或按照事假处理等。

3. 保留证据：

   • 在整个沟通过程中，务必保留好所有相关的证据，包括医疗机构出具的证明、与公司的沟通记录（如邮件、短信、通话录音等）以及公司拒绝批假的书面或口头回复。

4. 向劳动监察部门投诉：

   • 如果公司拒绝批假且没有合理理由，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其对公司的行为进行查处，并保障自己的合法权益。

5. 申请劳动仲裁：

   • 若投诉无果，员工还可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付病假工资、经济补偿等。在申请劳动仲裁时，需要提交详细的仲裁申请书、相关证据以及自己的诉求。

6. 注意法律程序：

   • 在整个处理过程中，员工应遵守法律程序，不得采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。
   • 同时，也要关注公司的反馈和行动，及时作出相应的应对和调整。

综上所述，当员工医疗期满医院请假证明交公司不批假时，员工应首先明确法律依据，与公司进行沟通并保留证据。如果公司拒绝批假且没有合理理由，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应遵守法律程序并关注公司的反馈和行动。