当单位补缴公积金时，个人确实也需要补缴其应缴的部分。以下是对这一问题的详细解答：

首先，根据国务院《住房公积金管理条例》的相关规定，职工个人缴存的住房公积金是由所在单位每月从其工资中代扣代缴的。这意味着，单位在补缴公积金的同时，也会从职工的工资中代扣相应的个人应缴部分，然后一同汇缴到住房公积金专户内。

其次，从实际操作的角度来看，无论是单位漏缴还是少缴的住房公积金，当单位决定依法进行补缴时，职工都需要配合补缴其个人应缴的部分。这是为了确保公积金账户的完整性和合规性，也是维护职工自身权益的重要一环。

此外，值得注意的是，补缴公积金的具体流程可能会因地区而异。以苏州市为例，单位需要按照《苏州市住房公积金缴存管理实施细则》的规定，凭《住房公积金汇（补）缴书》办理汇缴、补缴手续。同时，已开通公积金委托收款业务的单位还应在每月扣款日前于开户银行指定账户中保留足够的余额，以确保扣款成功。

综上所述，当单位补缴公积金时，个人确实需要补缴其应缴的部分。这是符合相关法规要求的，也是维护职工自身公积金权益的必要步骤。因此，建议您在接到单位补缴通知后，及时配合完成个人应缴部分的补缴工作。