发工资时扣除个人所得税，是因为个人工资薪金所得属于应税项目，需依法缴纳个人所得税。这一做法是基于《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，旨在调节个人收入分配，实现税收的公平性和社会调节功能。

详细分析如下：

1. 纳税义务：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》，工资、薪金所得是个人所得税的应税项目之一。这意味着，个人从单位获得的工资收入，在扣除各项法定扣除项目后，若达到纳税标准，则需依法缴纳个人所得税。

2. 扣缴义务人：

   • 单位作为支付工资的主体，被法律赋予扣缴义务人的身份。这意味着，单位在发放工资时，有责任代扣代缴员工应缴纳的个人所得税，并将税后工资发放给员工。

3. 计税方式：

   • 个人所得税采用超额累进税率计税，即根据应纳税所得额的不同，适用不同的税率。应纳税所得额的计算方式为：工资收入 - 基本减除费用标准（目前为每月5000元） - 专项扣除（如“三险一金”） - 专项附加扣除（如子女教育、住房贷款利息等） - 其他依法确定的其他扣除项目。

4. 法律后果：

   • 若单位未依法代扣代缴个人所得税，将面临税务机关的追缴和处罚。同时，个人也需承担未依法纳税的法律责任。

举例说明： 假设小李每月工资为8000元，三险一金扣除1000元，没有专项附加扣除等其他扣除项目。那么，小李的应纳税所得额 = 8000 - 5000 - 1000 = 2000元。根据超额累进税率表，小李需按照3%的税率缴纳个人所得税，即60元。因此，小李实际到手的工资为8000 - 60 = 7940元。

综上所述，发工资时扣除个人所得税是依法行事的表现，旨在确保税收的公平性和社会调节功能的实现。若对个人所得税的具体计算或税务筹划有任何疑问，建议直接向我咨询，我将为您提供专业的法律解答和建议。