公司发工资扣除个税，是因为根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人从公司获得的工资、薪金所得需要缴纳个人所得税。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 税法规定：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》，工资、薪金所得是个人所得税的征税对象之一。
   • 个人所得税的起征点为每月5000元（即年收入60000元），超过这个起征点的部分需要缴纳个人所得税。

2. 应税所得的确定：

   • 应纳税所得额 = 月度收入 - 5000元（基本减除费用） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除。
   • 月度收入包括基本工资、奖金、津贴、补贴等全部工资、薪金所得。
   • 专项扣除主要涵盖基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金等“三险一金”。
   • 专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等六项。

3. 税率与速算扣除数：

   • 个人所得税采用超额累进税率，税率从3%至45%不等，根据应纳税所得额的不同而适用不同的税率和速算扣除数。

4. 扣税流程：

   • 公司在发放工资时，会根据员工的月度收入、专项扣除、专项附加扣除等信息，计算出应缴纳的个人所得税金额，并从工资中扣除。
   • 公司需按照税法规定的时间向税务机关申报并缴纳代扣的个人所得税税款。

5. 为什么需要扣税：

   • 税收是国家财政收入的重要来源，用于提供公共服务和基础设施建设等。
   • 个人所得税的缴纳是公民履行纳税义务的表现，也是对国家建设的贡献。

6. 特殊情况说明：

   • 如果个人的月收入低于5000元，在扣除基本费用后并无应纳税所得额，则无需缴纳个人所得税。
   • 但如果存在其他收入、扣除项目计算错误或单位计算失误等特殊情况，也可能导致需要缴纳个税。

综上所述，公司发工资时扣除个税是依据税法规定进行的，旨在确保个人履行纳税义务，支持国家建设。如果对于个税缴纳有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。