未取得施工许可证擅自施工合同价款，通常指的是已施工部分的合同价款，而非合同总价款。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法规依据：

   • 根据《建设工程质量管理条例》第57条，建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准，擅自施工的，将受到责令停止施工、限期改正，并处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款。此处的“工程合同价款”应理解为与违法行为直接相关的部分，即已施工部分的合同价款。

2. 实践做法：

   • 在实践中，建设行政主管部门通常会根据已施工部分的合同价款来确定处罚基数。这种做法既符合行政处罚的“过罚相当”原则，也避免了将未实施的违法行为纳入处罚范围。
   • 例如，在某些行政判决书中，法院也支持了按已施工部分工程对应的合同价款进行处罚的做法。

3. 逻辑分析：

   • 将“工程合同价款”理解为已施工部分的合同价款，更符合立法目的。处罚应与违法行为的程度和后果相一致，而擅自施工的后果仅限于已产生的工程建筑物。
   • 与其他严重危及建设工程质量的违法行为相比，未取得施工许可证擅自施工的行为辐射范围或违法后果较小，因此以已施工部分合同价款作为处罚基数更为合理。
   • 此外，将未取得施工许可证擅自施工的处罚基数确定为整个工程合同价款，可能会导致处罚数额过高，建设单位难以承受，尤其是涉及招商引资的企业。

综上所述，未取得施工许可证擅自施工合同价款，应理解为已施工部分的合同价款。这一解释既符合法规依据，也符合实践做法和逻辑分析。如果您在此类问题上还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。