部队经济适用房是有房产证的。根据中央军委《进一步深化军队住房制度改革方案》及相关通知，军队组织建设的经济适用住房纳入国家经济适用住房建设计划，并享受相关税费减免政策。经总后勤部批准出售的军队现有住房和由总后勤部下达计划建设的安居工程住房、经济适用住房（转让给地方的部分房屋除外），可以按规定到当地政府房地产管理部门办理个人房屋权属登记手续。

这意味着，符合相关规定的部队经济适用房在购买后，是可以办理并获取房产证的。不过，具体的办理流程和所需材料可能因地区和政策差异而有所不同，建议购房者咨询当地房地产管理部门或军队相关部门以获取更准确的信息。