经济适用房的房产证，作为购房者拥有房屋所有权的合法书面凭证，其本质与普通商品房的房产证并无区别。两者都受到国家相应法律法规的保护和规范，证明了房屋使用权、占有权、处置权和收益权的归属。然而，在使用和交易方面，经济适用房的房产证有一些特殊之处。

首先，经济适用房是为了照顾中低收入居民购房而实施的优惠措施，因此其土地是国家以划拨方式无偿给开发商使用的，这也是经济适用房价格低的主要原因。在购买经济适用房并取得合法产权证书后，房屋产权归职工个人所有。

其次，经济适用房的房产证在出售时有一些特殊规定。根据相关规定，购买人在出售经济适用房时，需要按经济适用房所在地标定地价的10%交纳土地出让金，没有标定地价的，土地出让金的价款则暂按房屋售价的3%交纳。完成产权过户手续后，购买人所得到的就是普通商品房的产权证书，再次交易时就无需交纳土地出让金了。

总的来说，经济适用房的房产证在外观和格式上可能与普通商品房的房产证相似，但在交易和权益方面存在一些特殊规定。因此，在处理经济适用房的房产证时，需要特别注意相关的法律法规和政策规定。