当发现身份证丢失后被他人用于注册公司时，这是一个严重的法律问题，需要立即采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是具体的处理步骤及法律建议：
首先，明确你的合法权益已受到侵害，你有权要求相关机构撤销基于错误身份信息的公司注册登记，并追究冒用者的法律责任。
一、立即报案与收集证据
向公安机关报案：携带有效身份证件到户籍所在地或公司注册地的公安机关报案，详细说明身份证丢失及被冒用注册公司的情况，获取正式的报警记录。
收集身份证明与丢失证据：搜集能证明身份证曾丢失的材料，如补办身份证时的派出所受理回执、挂失证明等。
准备非本人注册的证据：包括笔迹鉴定样本（如平时签名、书写文件）和不在场证明（如行程记录、工作证明、证人证言）。
二、向市场监督管理部门反映情况
提交投诉举报：携带身份证件、报警记录及其他相关证据，前往该公司注册地的市场监督管理部门，填写投诉举报表格，要求撤销或变更基于错误身份信息的公司注册登记。
配合调查：市场监督管理部门接到投诉后会进行调查核实，你应积极配合，提供必要的信息和证据。
三、法律途径维权
申请撤销登记：若市场监督管理部门调查确认公司注册是冒用身份信息进行的，将依法撤销该公司的注册登记。
提起行政诉讼：若申请撤销不成功，可以向法院以公司所在地市场监督管理局为被告，起诉要求撤销作为法定代表人的变更登记。注意行政诉讼的时效，即从知道或应当知道“被登记”时一年之内提出，从被登记行为作出之日起最长不超过五年。
提起民事诉讼：以公司或侵权人为被告，向法院起诉，要求确认不存在股东身份或未接受委托成为法定代表人，同时要求公司涤除法定代表人或股东身份。胜诉后，可以申请强制执行。
四、后续处理与个人信用修复
修复个人信用：在公司注册登记撤销后，向相关金融机构、信用评级机构等说明情况，要求消除因该冒用行为导致的不良信用记录。
加强个人信息保护：加强个人身份信息的保护，如定期更换密码、使用安全的网络环境、不轻易透露个人信息等，并及时在相关机构进行身份证挂失和补办手续。
通过上述步骤，你可以有效维护自己的合法权益。在处理过程中，若遇到困难或对法律程序不熟悉，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律支持。