非法改装门店的管辖部门主要根据改装的内容、性质以及可能涉及的法律法规来确定。一般来说，非法改装门店可能涉及以下几个部门的管辖：

1. 市场监督管理部门：如果非法改装门店涉及未经许可的经营活动、虚假宣传、销售假冒伪劣产品等违法行为，市场监督管理部门有权进行查处。他们负责维护市场秩序，保护消费者权益，对商业活动进行监管。

2. 交通运输管理部门：如果非法改装门店对车辆进行非法改装，如改变车辆结构、外观、性能等，且这些改装可能影响车辆的安全性和合法性，那么交通运输管理部门（如交通局、运管处等）有权进行查处。他们负责道路运输市场的监管，确保车辆的安全和合规性。

3. 环保部门：如果非法改装门店在改装过程中产生噪音、污染等环境问题，或者改装后的车辆排放不符合环保标准，环保部门有权进行查处。他们负责环境保护和污染治理，确保改装活动不对环境造成负面影响。

4. 公安部门：在某些情况下，如果非法改装门店涉及治安问题，如非法聚集、扰乱社会秩序等，或者改装后的车辆用于非法活动（如赛车、飙车等），公安部门有权进行查处。他们负责维护社会治安和公共秩序。

综上所述，非法改装门店的管辖部门可能包括市场监督管理部门、交通运输管理部门、环保部门和公安部门等。具体由哪个部门管辖，需要根据改装门店的具体情况和涉及的法律法规来确定。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。