电摩维修门店非法改装的问题，主要由市场监督管理部门负责处理。以下是从不同角度的详细分析：
市场监督管理部门的职责：
- 市场监督管理部门负责监管市场上的经营活动，包括电摩维修门店的运营。
- 非法改装电摩属于违规经营行为，市场监督管理部门有权对此类行为进行查处，包括责令停止违法行为、罚款、没收违法所得等。
交通管理部门的角色：
- 虽然交通管理部门主要负责道路交通管理和车辆登记、检验等工作，但非法改装的电摩如果上路，会构成交通安全隐患。
- 交通管理部门在发现非法改装的电摩上路时，有权进行查处，并可能将案件线索移交市场监督管理部门进一步处理。不过，就非法改装行为本身而言，交通管理部门并非直接处理部门。
其他可能的处理部门：
- 在某些情况下，如果非法改装行为涉及消防安全、环保等方面的问题，消防部门或环保部门也可能介入处理。
- 但就电摩维修门店的非法改装行为而言，这些部门通常不是主要处理部门，除非改装行为直接导致了消防安全或环保问题。
法律后果与建议：
- 电摩维修门店非法改装电摩，不仅可能面临市场监督管理部门的处罚，还可能因改装行为导致的交通事故等后果承担法律责任。
- 作为电摩维修门店，应严格遵守相关法律法规，不得进行非法改装等违规行为。
- 作为消费者，也应选择正规、合法的维修门店进行电摩维修和保养，避免使用非法改装的电摩上路。
总结与建议：电摩维修门店非法改装的问题主要由市场监督管理部门负责处理。门店应遵守相关法律法规，避免非法改装行为；消费者也应选择正规门店进行维修和保养。如果您遇到相关问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。