当父亲过世后，如果其银行存款被女儿私自取走，而儿子希望追回这部分遗产，他可以按照以下步骤操作：

一、了解法律规定

首先，要明确的是，父母去世后的遗产应由法定继承人共同享有继承权。在中国，法定继承人通常包括配偶、子女和父母。如果女儿未获得其他继承人的同意，便私自将钱款取走，这种行为可能构成侵权行为。

二、与女儿协商

1. 友好沟通：儿子可以尝试与女儿进行友好协商，诚恳地要求她返还被取走的银行存款。
2. 明确法律责任：在协商过程中，应明确告知女儿其行为的违法性质以及需要承担的相应法律责任，让她认识到自己的错误。

三、准备证据

如果协商未能达成一致，儿子需要准备充分的证据来支持自己的诉求。这些证据可能包括：

1. 父母的死亡证明：这是证明父母已经离世的关键证据。
2. 银行的交易记录：它可以清晰地反映出女儿取走钱款的具体情况，包括取款时间、金额等。
3. 其他相关证据：如遗嘱、家庭财产分配协议等（如果有的话），也可以作为辅助证据。

四、提起诉讼

1. 确定诉讼理由：儿子可以以法定继承纠纷为依据，向法院提起诉讼，要求女儿将被她取走的银行存款返还回来。
2. 提交诉讼材料：在提起诉讼时，需要提交起诉状、证据清单以及上述准备好的证据材料。
3. 参与庭审：在庭审过程中，儿子应积极配合法官的询问，陈述自己的诉求和理由，并提供证据支持。

五、注意诉讼时效

一般来说，诉讼时效为三年，从继承人知道或者应当知道自己的权利被侵害之日起开始计算。因此，儿子应尽快采取行动，以免错过诉讼时效期。

综上所述，如果父亲过世后被女儿取走了银行存款，儿子可以通过与女儿协商、准备证据、提起诉讼等方式来追回这部分遗产。在整个过程中，儿子应保持冷静和理智，依法维护自己的合法权益。