针对您提出的问题，如果男方不配合办理《出生医学证明》，母亲是可以单方面进行办理的。以下是一些详细的解答和建议：

首先，根据相关规定，新生儿父母必须持有效身份证件原件供签发机构核验，以确保“人”“证”一致。然而，在实际操作中，如果父亲拒不配合，母亲可以单独前往医疗机构办理未载明父亲身份信息的《出生医学证明》。这意味着，即使父亲不提供身份证原件或不配合签名，母亲仍然可以为新生儿申领到《出生医学证明》，只是该证明中不会包含父亲的相关信息。

在办理过程中，母亲可能需要提交一些额外的材料，如《关于申请单亲<出生医学证明>的说明》，以解释父亲不配合的情况，并表明自己已尝试多种渠道与父亲沟通但无果。此外，医疗机构在出具《出生医学证明》时，也会进行相应的审查，以确保信息的准确性和合法性。

另外，值得注意的是，《出生医学证明》的办理是有时限要求的。通常情况下，新生儿出生后原则上应在一个月以内按要求申领。如果超过这个时间限制，首次申领时签发机构可能需要核验产妇病历或分娩记录，甚至可能需要提交亲子鉴定证明。因此，建议母亲尽快办理相关手续，以避免不必要的麻烦。

最后，虽然母亲可以单方面办理《出生医学证明》，但最好还是与父亲进行沟通，争取双方的合作。如果父亲后续愿意提供身份证原件并配合换发《出生医学证明》，那么可以前往原签发机构进行换发，以增加新生儿父亲的相关信息。

总之，即使男方不配合，母亲仍然有权利和能力为新生儿办理《出生医学证明》。在办理过程中，建议母亲咨询当地医疗机构或相关部门的具体要求和流程，并尽快完成相关手续。