如果您和母亲的户口不在一起，需要办理母女证明，可以参考以下建议：

首先，办理母女关系证明所需的资料可能因地区而异，但通常包括以下几种：

1. 出生医学证明：这是最直接且有效的证明母女关系的文件。
2. 居民户口簿：如果户口簿上能反映出母女关系，这也是一个很好的证明。
3. 公安派出所出具的亲属关系证明：如果上述两种文件都无法提供，您可以尝试向当地公安派出所申请开具亲属关系证明。
4. 公证部门出具的父母子女关系公证书：通过公证机关进行公证也是一种有效的方式。
5. 有当事人人事档案管理权限的组织人事部门出具的父母子女关系证明：如果您或您母亲的人事档案中有相关记录，也可以作为证明。
6. 亲子鉴定证明：如果其他方式都无法证明，您可以考虑进行亲子鉴定，这是最直接且科学的方式。

其次，关于办理母女关系证明是否需要双方同时到现场，这主要取决于您选择的办理方式和当地的具体要求。一般来说，如果选择公安派出所或公证机关办理，可能需要双方同时到场。但如果您提供的是出生医学证明或户口簿等有效文件，可能只需要一方到场即可。

再者，办理母女关系证明并不一定要在出生地办理，很多地区都支持异地办理。您可以先咨询当地公安派出所或公证机关，了解具体的办理要求和流程。

最后，关于办理机构的选择，您可以根据当地的具体情况和要求来选择。公安派出所和公证机关都是可以办理母女关系证明的机构。如果您不确定应该选择哪个机构，可以先咨询当地的户籍管理部门或法律咨询机构，他们会根据您的具体情况给出建议。

总之，办理母女关系证明需要准备充分的资料，并了解当地的办理要求和流程。希望这些信息能对您有所帮助。