要证明母女关系但母女户口不在一起，并且没有准生证，您可以尝试以下方法：

首先，最便捷的方式是通过官方线上平台办理亲属关系证明。以重庆地区为例，您可以登录“警快办”平台，按照以下步骤操作：

1. 点击“户政专区”进入相关页面。
2. 在“其他户口登记服务事项”里选择“开具户籍类证明”。
3. 接着，点击“开具亲属关系证明”选项。
4. 最后，进行“在线申报”，按照提示填写相关信息并上传必要的材料。

请注意，在申请时，如果系统能够通过内部数据核实您的亲属关系，则无需额外提交材料。若无法核实，您可能需要提供其他能够证明母女关系的材料，如出生证明、独生子女证、领养证、公证处出具的亲属关系公证书、档案部门的出生档案或户籍档案等。这些材料将作为您母女关系的辅助证明。

此外，不同地区的具体办理流程和要求可能有所不同。建议您在办理前咨询当地派出所或户籍管理部门，了解具体的办理要求和所需材料。

总的来说，虽然您没有准生证，但通过上述方法仍然可以证明母女关系。希望这些信息对您有所帮助！