对于户口迁移之后不在一起如何公证母女关系的问题，您可以参考以下建议：

首先，尽管您和您的母亲户口不在一起，但您仍然可以通过一些途径来证明母女关系。根据公安部等12部门联合出台的《关于改进和规范公安派出所出具证明工作的意见》，对于无法凭户口簿、身份证等法定身份证件直接证明的亲属关系，如母女关系，派出所可以根据具体情况予以开具亲属关系证明。因此，您可以尝试向您或您母亲户籍所在地的派出所提出申请，要求开具母女关系证明。

在申请时，您可能需要提供一些辅助材料来帮助证明您和您的母亲之间的亲属关系。这些材料可能包括但不限于：

1. 您的出生证明或您母亲的孕育证明，这可以直接证明您是您母亲的孩子。
2. 您和您母亲的身份证、户口簿等身份证明材料，这些材料可以帮助确认您和您母亲的身份信息。
3. 如有可能，您还可以提供您和您母亲在一起的照片、信件等可以证明您们之间亲属关系的辅助材料。

如果派出所因为某些原因无法开具母女关系证明，您还可以考虑通过其他途径来证明。例如，您可以尝试联系您所在地的公证处，咨询是否可以通过办理亲属关系公证来证明您和您的母亲之间的亲属关系。在办理公证时，您可能需要提供一些与上述类似的辅助材料，并可能需要您和您的母亲共同到场进行公证。

总的来说，尽管户口迁移可能导致您和您的母亲户口不在一起，但您仍然有多种途径可以证明您和您的母亲之间的亲属关系。您可以根据自己的实际情况选择最适合的途径进行证明。