公司发放工资时会自动代扣个人所得税。这是根据我国《中华人民共和国个人所得税法》的规定和规范的企业财务操作流程所确定的。下面我将详细解释这一流程和相关法律规定。

法律基础与义务

根据《中华人民共和国个人所得税法》，个人所得税以所得人为纳税人，支付所得的单位或个人为扣缴义务人。公司作为支付工资的单位，是法定的扣缴义务人，有义务按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税。

操作流程

1. 收集员工信息：公司需要收集员工的基本信息和专项附加扣除信息，如子女教育、继续教育等，这些信息将用于计算应纳税所得额。

2. 计算应纳税所得额：公司根据员工的每月收入额，扣除个税起征点（目前为每月5000元）、专项扣除（如“五险一金”）以及专项附加扣除后，得出应纳税所得额。

3. 确定税率与速算扣除数：根据应纳税所得额，对照个人所得税税率表，确定适用的税率和速算扣除数。

4. 计算应纳税额：使用公式“应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数”计算出应纳税额。

5. 代扣税款并发放工资：公司在发放工资时，直接从员工工资中扣除计算出的个人所得税，然后发放剩余的工资。

后续申报与缴纳

公司代扣的员工个人所得税税款，需要在规定时间内（一般是次月15日内）向税务机关进行申报并缴纳。税务机关会对公司的申报和缴纳情况进行监管。

特殊情况

虽然大多数情况下公司会自动扣税，但在某些特殊情况下，员工可能需要自行办理纳税申报，如取得多处收入或需要进行年度汇算清缴时。此外，如果企业未依法履行代扣代缴义务，将面临税务机关的处罚。

综上所述，公司发工资时会自动代扣个人所得税，员工在正常情况下无需自行去税务部门缴纳。这一制度既确保了税收的合法性，也简化了纳税程序，方便了纳税人。如果您有任何关于个人所得税或劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。