针对您提出的“耕地上违建应该由哪个部门解决”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置：农村耕地违建问题的处理涉及多个政府部门，主要包括自然资源部门（国土资源管理部门）、农业农村部门以及乡镇人民政府。这些部门根据各自职责范围，共同协作以确保农村土地管理秩序和乡村规划建设秩序的维护。

一、各部门具体职责

1. 自然资源部门（国土资源管理部门）：

   • 负责土地资源的统一管理和监督，审查土地使用是否符合土地利用总体规划。
   • 对于非法占用耕地等违建行为，有权责令停止违法行为、限期拆除违法建筑，并恢复土地原状。

2. 农业农村部门：

   • 在农村耕地保护和违建管理方面承担重要职责，特别是涉及农村宅基地管理等方面。
   • 对农村村民未经批准或骗取批准，非法占用土地建住宅的行为进行监督检查和处罚，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除新建房屋等。

3. 乡镇人民政府：

   • 承担具体的巡查、制止等职责，负责日常巡查和监管行政区域内的违法建设行为。
   • 一旦发现耕地上的违建行为，应及时制止并向上级部门报告；在部分地区，根据相关授权，可直接查处部分符合条件的农村违建，并组织实施拆除等工作。

二、综合分析

• 农村耕地违建问题的复杂性决定了需要多个部门共同协作来处理。各部门根据各自的专业领域和职责范围，形成合力，确保违法建筑得到有效遏制和拆除。
• 公众如发现农村耕地上的违法建筑，可向以上相关部门进行举报或咨询。各部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施，以保障农村土地资源的合理利用和乡村规划建设的顺利进行。

三、实际案例解读

以某村村民在耕地上违法建住宅为例，该行为应由农业农村部门负责查处，因为根据新修订的《土地管理法》规定，农村村民未经批准非法占用土地建住宅的查处职责，已明确由县级以上人民政府农业农村主管部门行使。

综上所述，农村耕地违建问题的解决需要自然资源部门、农业农村部门以及乡镇人民政府的共同努力和协作。若您面临此类问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问，我会为您提供专业的法律帮助。