代理服务费由中标人支付是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与合同自由性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式，并应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。这意味着合同的内容，包括付款条件，可以由当事人自由约定。
   • 代理服务费由中标人支付作为一种付款条件，是双方当事人在合同中自愿达成的约定，不违反法律法规的强制性规定，因此是合法的。

2. 第三人代为履行制度：

   • 在招标代理费支付的情境中，招标人与招标代理机构作为委托合同的当事人，招标人为债务人，招标代理机构为债权人。根据《民法典》第五百二十三条的规定，当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。
   • 招标人与招标代理机构约定代理服务费由中标人支付，正是基于上述规定的“第三人代为履行制度”。这种约定不违反法律行政法规的强制规定，约定受法律保护，且更有利于招标代理机构实现其债权。

3. 实务操作与市场调节：

   • 在实务中，代理服务费由中标人支付通常是通过两步实现的：第一步是招标人与招标代理机构签订委托合同，约定费用由中标人支付；第二步是招标文件规定该费用由中标人支付，并作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑。
   • 尽管有观点认为这种支付方式可能存在未实现市场调节价机制、对招标人存在廉政风险等弊端，但这并不影响其合法性。这些弊端更多是通过政策调整和市场监管来解决的，而不是通过否定这种支付方式的合法性。

综上所述，代理服务费由中标人支付是合法的，这是基于合同约定的自由性、第三人代为履行制度以及实务操作中的普遍做法所得出的结论。如果您在相关领域有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。