代理费由中标企业支付在一定条件下是合法的，关键在于是否存在明确的约定、是否遵循法律法规与公平原则，以及是否涉及不正当竞争。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法性的判断依据
明确约定且不违反法规
- 如果在招投标文件中已经明确规定中标企业需支付代理费，并且这一规定没有违反法律法规的强制性规定，那么这样的约定是有效的。例如，招标文件中可以明确写明“中标企业需承担本次招标的代理费用”，只要这一条款不违反相关法律法规，中标企业就有义务支付。
- 除了招投标文件中的规定，招标人与中标企业在招投标过程外，经过平等、自愿协商达成的代理费支付协议，同样具有法律效力。但前提是这种协商过程中不存在欺诈、胁迫等违法情形。
符合行业惯例与公平原则
- 在某些特定行业中，由中标企业支付代理费可能已成为普遍惯例。如果这种惯例不违背法律法规和公序良俗，那么它被视为合法。例如，在某些服务行业，代理费由中标方支付已成为行业内的通行做法。
- 支付代理费时，应遵循公平原则，确保费用与中标企业所获利益相匹配。如果代理费过高，导致中标企业负担过重，可能被视为显失公平，从而影响约定的合法性。
不涉及不正当竞争
- 代理费的支付方式不应导致招投标过程中的不正当竞争。例如，代理机构不能因为代理费而倾向推荐特定企业中标，或者通过设定不合理的代理费来排除其他投标人的竞争。
二、支付主体的法律规定与实践
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，招标人有权选择招标代理机构并委托其办理招标事宜。这通常意味着招标代理费应由招标人支付。然而，法律并未禁止招标人、招标代理机构与投标人（潜在的中标企业）之间进行合法有效的约定，只要这种约定不违反法律法规，中标企业也可以成为代理费的支付主体。
三、实践中的注意事项与合规要求
透明度与合规性
- 整个招标过程应遵守法律法规，确保合法性和合规性。代理机构应在采购文件中明示代理费用收取方式及标准，并在中标结果中公开项目代理费用收费情况，以增加透明度。
避免违规约定
- 采购文件中不得包含不合规条款，如“中标人不支付代理费将不退还投标保证金”或“中标人不支付代理费将不发放中标通知书”等。这些条款可能违反法律法规，导致约定无效。
四、不合法的情况
- 违反法律法规强制性规定：如果相关法律法规明确规定代理费应由招标人支付，而实际约定由中标企业支付，则此约定无效。例如，某些地区的法律法规可能明确规定招标代理费由招标人承担，那么在这种情况下，由中标企业支付代理费就是违法的。
- 存在恶意串通等违法行为：如果招标人与招标代理机构恶意串通，通过设定高额代理费并要求中标企业支付以排除其他投标人竞争，这种行为不仅违法，还可能构成犯罪。
建议：在实际操作中，如果招标人或中标企业希望由中标企业支付代理费，应在招投标文件中明确约定，并确保这一约定不违反相关法律法规和公平原则。同时，整个招标过程应保持透明度，避免违规约定和不正当竞争行为的发生。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。