当公司员工长时间请病假时，其工资的计算方式通常会根据公司的规章制度、劳动合同以及相关的劳动法律法规来确定。以下是一个详细且清晰的解答：

一、医疗期内工资计算

1. 依据连续工龄计算：
   • 连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发。
   • 连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发。
   • 连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发。
   • 连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发。
   • 连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。

这里的“本人工资”一般是指员工正常工作时的基本工资或标准工资，不包括加班费、奖金等其他收入。

1. 最低标准：
   • 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。这是为了保障员工在病假期间的基本生活需求。

二、超过医疗期工资计算

如果员工的病假超过了法定医疗期（根据工作年限和在本单位工作年限确定），企业可以根据自身情况与员工协商处理工资事宜。在超过医疗期后，如果员工仍然无法正常工作，企业可能可以解除劳动合同，但需按照法律规定支付经济补偿金等相关费用。

三、特殊情况考虑

1. 商业医疗保险：

   • 如果企业为员工购买了商业医疗保险，且保险合同中包含了病假工资的相关条款，那么在计算病假工资时，还需要考虑保险支付的部分。

2. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司可能会有自己的病假工资计算规定，这些规定不能违反法律法规的强制性规定。同时，如果劳动合同中对病假工资有明确且合法的约定，也应按照约定执行。

四、工资发放合法性

1. 合法依据：

   • 病假工资的发放需要依据相关的劳动法律法规和企业的内部规章制度。企业在制定病假工资政策时，应确保政策的合法性和合规性。

2. 及时沟通：

   • 在员工请病假期间，企业应及时与员工沟通，了解其病情和康复情况，以便在合适的时候安排其返岗工作。同时，也需要保留相关的医疗证明和请假记录，作为发放病假工资的依据。

综上所述，公司员工长时间病假的工资计算是一个综合考虑多种因素的过程，包括员工的连续工龄、基本工资、医疗期长度、公司规章制度、劳动合同以及相关的劳动法律法规等。企业在处理这一问题时，应确保合法合规，并充分考虑员工的实际情况和公司的利益。