关于“单位只有股东有社保是否合法”的问题，这主要取决于股东在公司中的具体角色以及他们与公司之间的法律关系。以下是对此问题的详细分析：
股东在公司任职的情况
法律关系与义务：
- 当股东同时在公司中担任具体职务（如董事、监事、经理等），并且与公司签订了正式的劳动合同，那么他们就与公司建立了劳动关系。
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为与其建立劳动关系的员工缴纳社保。
合法性判断：
- 在这种情况下，如果公司仅为这些在公司任职的股东缴纳社保，而没有为其他未与公司建立劳动关系的员工（如果有的话）缴纳社保，那么这种做法在法律上是合法的。
- 但如果公司存在其他应参保而未参保的员工，那么公司的做法就不合法，因为公司必须为所有与其建立劳动关系的员工缴纳社保。
股东不在公司任职的情况
法律关系与义务：
- 如果股东仅作为公司的出资人或投资人，并未在公司担任任何职务，也未与公司建立劳动关系，那么公司没有法律义务为其缴纳社保。
参保途径与合法性：
- 不在公司任职的股东可以选择以灵活就业人员身份或参加城乡居民社保的方式自行参保。
- 在这种情况下，如果公司仅为在公司任职的股东（如果有的话）缴纳社保，而没有为非任职股东缴纳社保，这种做法在法律上也是合法的，因为公司没有为非任职股东缴纳社保的义务。
特殊情况
- 如果公司只有股东，且这些股东均不在公司任职，那么公司就没有法律义务为这些股东缴纳社保。股东需要自行选择参保方式。
- 如果公司存在其他员工（非股东），且这些员工与公司建立了劳动关系，那么公司必须为这些员工缴纳社保。如果只为股东缴纳社保而忽略了其他员工，那么公司的做法是不合法的。
结论
综上所述，“单位只有股东有社保”是否合法取决于股东在公司中的具体角色和与公司的法律关系。如果股东在公司任职并与公司建立了劳动关系，那么公司为其缴纳社保是合法的；如果股东不在公司任职，公司没有义务为其缴纳社保，股东需要自行参保。同时，公司必须确保为所有与其建立劳动关系的员工缴纳社保，否则将面临法律风险。