针对您提出的问题“不动产登记的协议书发生程序瑕疵还有法律效力吗”，以下是我的详细解答：

核心结论：不动产登记的协议书发生程序瑕疵，并不必然导致其失去法律效力。其法律效力需根据瑕疵的具体性质、程度以及相关法律法规的规定来综合判断。

分析说明：

1. 程序瑕疵的性质与影响：

   • 程序瑕疵可能包括但不限于签名不全、盖章缺失、登记手续不完整等。
   • 瑕疵的性质和严重程度不同，对协议书法律效力的影响也不同。轻微的瑕疵可能通过补正或解释得以解决，而严重的瑕疵则可能导致协议书无效或可撤销。

2. 法律法规的适用：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同的成立和生效需要满足一定的条件，包括合同主体的合法性、合同内容的合法性、合同形式的合法性等。
   • 不动产登记的协议书作为一种特殊的合同，其法律效力同样受到上述条件的约束。
   • 若程序瑕疵导致协议书不符合法律法规的强制性规定，如未办理登记手续导致协议书无法生效，则协议书可能因此失去法律效力。

3. 具体案例的考量：

   • 在实际案例中，法院会根据程序瑕疵的具体情况和相关法律法规的规定，对协议书的法律效力进行综合判断。
   • 若程序瑕疵并未影响协议书的真实性和合法性，且双方当事人均对协议书的内容表示认可，则法院可能会认定协议书仍然具有法律效力。

法律建议：

• 在面临不动产登记的协议书程序瑕疵问题时，建议首先咨询专业律师或相关法律机构，以获取针对具体情况的法律意见。
• 若协议书存在程序瑕疵，应尽快与对方当事人协商补正或解释，以避免因瑕疵导致的法律风险。
• 若因程序瑕疵导致协议书无效或可撤销，应尽快采取法律措施维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁等。

综上所述，不动产登记的协议书发生程序瑕疵并不必然导致其失去法律效力，具体需根据瑕疵的性质、程度以及相关法律法规的规定来综合判断。在面临此类问题时，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和有效的法律解决方案。