关于美团、饿了么等外卖平台与线下门店之间签订协议的主体问题，我可以从以下几个方面进行解答：
一、协议签订的主体
个体工商户：
- 在大多数情况下，线下门店如果是个体工商户，那么与美团、饿了么等外卖平台签订协议的主体就是该个体工商户。个体工商户以其营业执照上登记的名称作为合同当事人，享有合同权利并承担合同义务。
自然人：
- 在某些特殊情况下，如果线下门店并未办理个体工商户营业执照，而是由自然人直接经营，并且该自然人具备完全的民事行为能力，那么该自然人也可以作为协议的主体与外卖平台签订协议。但这种情况相对较少见，因为从事商业活动通常需要办理相应的营业执照。
二、协议签订的方式和内容
签订方式：
- 协议通常通过电子形式签订，双方通过外卖平台的商家入驻系统或相关APP完成协议的签署。也有部分平台或门店会选择纸质形式签订，但电子形式更为便捷和高效。
协议内容：
- 协议内容通常包括双方的权利义务、服务内容、费用结算、违约责任等条款。具体条款会根据平台的不同和门店的实际情况有所差异。
三、法律建议
明确主体身份：
- 在签订协议前，双方应明确对方的主体身份，确保合同的有效性。如果是个体工商户，应查看其营业执照；如果是自然人，应确认其具备完全的民事行为能力。
仔细阅读协议条款：
- 在签订协议前，务必仔细阅读协议条款，特别是关于权利义务、费用结算、违约责任等方面的内容，确保自己能够完全理解和接受。
保留证据：
- 在合同履行过程中，应保留好相关证据，如交易记录、聊天记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
综上所述，美团、饿了么等外卖平台与线下门店之间签订协议的主体通常是个体工商户或自然人（在特殊情况下）。在签订协议时，双方应明确主体身份、仔细阅读协议条款，并保留好相关证据。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师进行解决。