处理历史遗留违法用地是一个复杂且需要细致考虑的问题，它涉及法律法规、土地使用权、历史背景以及社会经济发展等多个方面。以下是对如何处理历史遗留违法用地的详细解答：

一、明确处理原则

1. 政府主抓，部门配合：政府应统一组织部署，相关部门需履职尽责，密切配合，共同推动历史遗留建设用地问题的有效解决。
2. 尊重历史，实事求是：在处理时，应充分考虑历史背景和实际情况，尊重历史成因，实事求是地分析和处理问题。
3. 依法依规，维护公平：严格按照法律法规和相关政策进行，确保处理结果的合法性、合规性，同时维护各方的合法权益，实现公平正义。

二、开展全面调查摸底

首先，需要对历史遗留违法用地进行全面调查摸底，明确问题地块的位置、使用权人、面积、建设时间、审批单位等信息，并形成详细的问题清单。这一步骤是后续处理的基础，也是确保处理结果准确、公正的关键。

三、分类分步施策

根据调查摸底的结果，将历史遗留违法用地按照性质、问题类型进行分类评估，并制定相应的处置流程和方案。以下是一种可能的分类处理方式：

1. 用地行为发生在较早时期（如1986年12月31日之前）：

   • 由项目业主查明土地历史使用情况和现状，征求相关利益人意见，并公告无异议后，报自然资源主管部门审核，经政府批准后确权登记，无需开展违法用地认定及处罚工作。

2. 用地行为发生在特定时间段内（如1987年1月1日至2009年12月31日之间）：

   • 落实处理（处罚）措施后，按土地现状办理征收手续。涉及违法用地处罚的，依法依规处理。权属为国有土地的，可参照较早时期的办理产权登记方式处理。

3. 用地行为发生在较近时期（如2010年1月1日至2019年12月31日）：

   • 依据相关法律法规，缴纳相关费用，落实处理（处罚）措施后，依法依规办理农用地转用与土地征收手续。涉及违法用地处罚和占用耕地的，应严格按照规定处理。

四、完善管理机制与政策宣传

1. 完善管理制度：严格土地审批流程，加强土地供应监管，提升信息化管理水平，确保土地使用权的授予有据可依、程序严谨。
2. 强化政策宣传：通过媒体、网络等渠道加大对土地管理法律法规和政策文件的宣传力度，提高社会各界对土地管理工作的认识和理解。

五、加强监督与公众参与

鼓励社会各界积极参与历史遗留违法用地的处置工作，提供建议和意见。同时，对处置工作进行公开透明化，接受社会监督，确保处置工作的公正性和合法性。

综上所述，处理历史遗留违法用地需要政府、部门和社会各界的共同努力和配合。通过明确处理原则、开展全面调查摸底、分类分步施策、完善管理机制与政策宣传以及加强监督与公众参与等措施，可以逐步解决历史遗留违法用地问题，促进土地资源的合理利用和经济社会的发展。