违建帮拆协议如果经济合作社没盖公章，那么该协议一般是无效的。公章是单位或组织在对外进行法律行为时的重要标识，具有法定的效力。如果拆迁协议没有加盖公章，就难以明确协议的主体身份以及协议的真实性，对方可能会以此为由否认协议的效力。
不过，协议的有效性并非仅由公章决定，还需综合考虑其他因素。具体来说：
如果协议仅有双方签字，但内容合法：在某些情形下，也有可能被认定为有效，这需要根据双方后续实际的履行行为等具体情况来判断。
如果协议效力存在争议：可以通过法律途径，如诉讼等方式，由法院根据相关的证据和法律规定来进行认定和裁决。
因此，在处理此类问题时，建议仔细审查协议的具体内容，以及双方的实际履行行为，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有任何进一步的法律问题，可以直接向我咨询，我专注于房产纠纷等领域，能够为你提供专业的法律帮助。