征地补偿协议没有公章，一般是不合法的，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
合法性角度
公章的法律意义：
- 公章是法人权利的象征，在法律上，公章具有确认法律行为、表明身份及承担法律责任等多重效力。征地补偿协议作为涉及双方重大权益的合同，加盖公章是协议生效的重要条件之一。
协议生效条件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。对于征地补偿协议而言，通常要求双方签字或盖章以确认协议内容，并表明双方的真实意愿。若协议未加盖公章，可能被视为未满足生效条件，从而影响其法律效力。
实际情况角度
协议内容真实性：
- 即使协议未加盖公章，如果双方已经实际履行了协议内容，如支付了补偿款、完成了土地交接等，且双方对协议内容无异议，那么该协议仍可能被视为有效。但这种情况下，双方需承担更高的举证责任，以证明协议的真实性和合法性。
特殊情形下的效力认定：
- 在某些特殊情况下，如协议虽未加盖公章，但有法定代表人或授权代表的签字，且该签字能够代表公司的真实意愿，那么该协议仍可能被认定为有效。但这需要具体分析签字人的身份、权限以及签字时的具体情况等因素。
法律建议
要求加盖公章：
- 对于征地补偿协议的签订，建议双方务必加盖公章，以确保协议的法律效力和可执行性。如果协议已经签订但未加盖公章，双方应及时协商补盖公章或采取其他补救措施。
保留相关证据：
- 在协议签订和履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如协议文本、支付凭证、土地交接证明等，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
寻求法律帮助：
- 如果双方对协议的法律效力存在争议或无法达成一致意见，建议及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助双方维护自身合法权益。
可能后果：若征地补偿协议未加盖公章且双方无法就协议内容达成一致或无法证明协议的真实性和合法性，那么该协议可能被视为无效或存在法律瑕疵。这可能导致双方无法依据协议主张权利或履行义务，甚至可能引发法律纠纷和诉讼。因此，务必重视征地补偿协议的签订和履行过程，确保协议的法律效力和可执行性。
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