分居协议通过短信发送给对方在法律上并不完全等同于正式签署的书面协议，其效力可能受到质疑，但可以作为双方达成合意的初步证据。以下从不同角度详细分析：

1. 形式要件角度
   根据《民法典》第469条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。短信属于电子数据范畴，理论上可视为书面形式的一种延伸，但需满足两个条件：
   

• 内容完整：短信需包含分居协议的核心条款（如分居期限、财产处理、子女抚养等）；
  
• 身份确认：需能证明短信发送方与接收方的真实身份（如通过运营商记录、实名认证账号等）。
  若仅发送片段化内容或无法确认身份，可能被认定为“未达成合意”。

1. 证据效力角度
   短信可作为辅助证据，但需结合其他证据形成完整链条：
   

• 若双方后续补签书面协议，短信可证明协商过程；
  
• 若仅依赖短信，对方可能以“未同意”“内容不完整”等抗辩，此时需提供聊天记录、录音、证人证言等佐证；
  
• 根据《电子签名法》，可靠的电子签名（如数字证书）可增强短信的证明力，但普通短信难以达到这一标准。

1. 实务建议角度
   为避免纠纷，建议采取以下措施：
   

• 优先书面签署：使用纸质协议或经公证的电子合同，明确双方权利义务；
  
• 短信作为补充：若已通过短信协商，可要求对方回复“同意”并保留记录，同时尽快补签正式协议；
  
• 固定证据：对短信内容截图、录屏，并保存原始载体（如手机），必要时可申请公证。

总结：短信可作为分居协议的初步沟通方式，但为确保法律效力，建议最终以书面形式确认。若您已通过短信协商，可进一步向我咨询如何完善证据或起草正式协议。