农村自建房转让协议在一定条件下是受法律保护的，但需满足特定条件并遵循相关法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、转让协议有效的条件
主体适格：
- 转让方和受让方必须具备相应的民事行为能力，即完全民事行为能力人，能够理解并承担协议所带来的法律后果。在农村自建房转让中，转让方通常是房屋所在村集体经济组织成员，而受让方则需符合特定条件（如同一集体经济组织成员或符合宅基地申请标准）。
意思表示真实：
- 协议的签订必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。这意味着转让方和受让方应在平等、自愿的基础上进行协商，并最终达成一致意见后签订协议。
内容合法：
- 协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。具体来说，转让协议需符合农村宅基地管理、城乡规划等相关法律法规的要求，如转让的房屋必须合法建造、符合规划，且转让方需拥有合法的宅基地使用权。
形式合法：
- 建议采用书面形式签订转让协议，以明确双方的权利和义务。书面协议应详细包含房屋状况、转让价格、付款方式、过户手续等关键条款，以便在发生纠纷时能够作为有效证据进行维权。
二、可能导致转让协议无效的情况
违反土地管理法规：
- 若转让的房屋所使用的土地不符合规定，如在农用地上未经合法审批擅自建房，或转让方不具备宅基地申请资格却签订转让协议，这种情况下转让协议将被认定为无效。
违反规划许可：
- 未取得乡村建设规划许可证或未按照许可证的规定进行建设的房屋，其转让协议同样面临无效风险。例如，超出规划许可的面积、高度等标准进行建设的房屋，其转让可能受到限制。
受让方不符合条件：
- 若受让方不是同一集体经济组织成员，或不符合宅基地申请标准，则转让协议可能因违反法律规定而无效。根据相关规定，宅基地使用权是农村集体经济组织成员享有的权利，非本集体经济组织成员无权取得或变相取得。
三、法律后果
- 如果农村自建房的转让协议违反上述法律规定，如转让方不具备宅基地使用权、受让方不符合条件等，该协议可能被视为无效。
- 合同无效时，转让方需返还房屋价款（如已收取），受让方需返还房屋，并可能涉及装修等增值部分的补偿问题。有过错的一方还应赔偿对方因此受到的损失。
四、额外建议
- 在签订农村自建房转让协议时，双方应特别注意明确房屋状况、土地性质、使用权归属以及转让条件等相关事项，以确保协议的合法性和有效性。
- 如遇复杂的法律问题或不确定的情况，建议直接向我咨询，以获取更准确的法律意见和保障双方的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法》第六十二条：农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
- 《中华人民共和国民法典》第三百六十三条：宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理的法律和国家有关规定。
- 《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条：在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
综上所述，农村自建房转让协议的法律效力需综合考虑多方面因素。在进行此类交易时，请务必确保协议的合法性和有效性，以避免潜在的法律风险。