国有土地超建的处理方式需根据超建的具体情形、土地用途及地方性法规综合判断，核心处理原则为“依法整改+行政处罚+补办手续（如符合规划）”，具体分以下情形处理：

1. 超建部分符合土地利用总体规划和城乡规划
   若超建行为未突破土地用途管制（如工业用地未改为商业用地），且超建面积、建筑高度等符合当地城乡规划要求，通常处理流程为：

   • 行政处罚：自然资源部门会依据《土地管理法》第七十七条或《城乡规划法》第六十四条，对超建部分按建筑面积、工程造价等处以罚款（罚款标准因地而异，一般为工程造价的5%-10%）；
     
   • 补办手续：处罚后，需按当地要求补缴土地出让金差价（如超建部分涉及增加容积率）、完善规划许可手续（如补办建设工程规划许可证），最终通过规划核实后，超建部分可合法保留。
     

2. 超建部分不符合土地利用总体规划或城乡规划
   若超建行为改变了土地用途（如住宅用地建商业楼），或超建面积、建筑高度等严重违反规划要求，处理方式会更严格：

   • 限期拆除：根据《城乡规划法》第六十四条，对无法采取改正措施消除影响的超建部分，由城管部门或乡镇政府责令限期拆除；
     
   • 没收实物或收入：若超建部分已建成且无法拆除（如涉及公共利益），可能被没收超建部分的建筑物或违法收入（如出租收益），并处以罚款；
     
   • 信用惩戒：部分地区会将超建行为纳入企业或个人信用记录，影响后续项目审批或贷款。
     

3. 特殊情形：历史遗留问题或政策调整
   若超建行为发生在土地管理法规修订前（如2004年《土地管理法》修订前），或因政府政策调整导致规划变更（如城市更新项目），可能适用“从旧兼从轻”原则：

   • 补办手续优先：若超建部分符合当前规划，可按历史遗留问题处理，补缴土地出让金后合法化；
     
   • 协商处理：部分地方政府会通过“一事一议”方式，要求超建方承担公共配套设施建设责任（如修建道路、绿化），以换取超建部分的保留。
     

关键提醒：国有土地超建的处理需以“规划合规性”为核心，若超建部分涉及消防、安全等隐患，即使符合规划也可能被要求整改。建议超建方在收到处罚通知后，第一时间委托专业机构评估超建部分的合规性，并主动与自然资源、规划部门沟通，争取通过补办手续或整改降低损失。

若有具体超建情形（如超建面积、土地用途、所在地区等），可进一步向我说明，我会结合地方性法规提供更精准的建议。