结论：在大多数情况下，未经合理程序制定规章制度或未造成实际损失的情况下，漏打卡但是正常上班扣工资是不合法的。劳动者有权维护自己的合法权益，而用人单位应依法依规处理考勤问题。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法扣减工资的情形
规章制度明确且合法：
- 制定程序合法：规章制度需通过民主程序制定，如职工代表大会讨论、与工会协商等，确保反映多数职工意愿。
- 内容合理：关于漏打卡扣工资的规定应明确、合理，例如每月允许一定次数的漏打卡，且扣除比例不超过当月工资的合理范围（如5%），并确保扣除后工资不低于最低工资标准。
- 公示与告知：规章制度需向全体劳动者公示或告知，确保其知晓相关规定。
造成实际损失：
- 若劳动者的漏打卡行为确实给用人单位造成了经济损失，如影响生产进度、工作交接等，用人单位可根据损失情况和劳动者过错程度，在合理范围内扣除工资作为赔偿。但需注意，扣除的工资比例应合理，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
二、不合法的扣减情形
无规章制度或规章制度无效：
- 若用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度制定程序违法、内容不合理，则扣减工资缺乏合法依据。例如，规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，均可能导致规章制度无效。
扣除比例过高或低于最低工资标准：
- 扣除工资的比例过高，或扣除后工资低于当地最低工资标准，均侵犯了劳动者的合法权益。根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
未造成实际损失：
- 即使劳动者漏打卡，但并未给用人单位造成任何实际损失，此时扣减工资也是不合法的。打卡仅是考勤管理的一种方式，并非判定出勤的唯一标准。劳动者若能提供证据证明自己正常出勤（如同事证言、工作成果展示、监控记录等），用人单位仍应支付全额工资。
三、劳动者维权途径
面对不合法的扣减工资行为，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
与公司沟通协商：
- 首先尝试与公司进行友好沟通，了解扣减原因，并提出自己的异议。在沟通过程中，劳动者可以要求公司提供相关的规章制度文本，以便了解扣减工资的依据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位限期支付工资。
申请劳动仲裁：
- 若投诉仍无法解决问题，劳动者可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据证明自己的权益受到侵害，如工资条、考勤记录、同事证言等。
提起诉讼：
- 对仲裁裁决不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，劳动者需要遵循法院的诉讼程序，提供充分的证据支持自己的主张。
四、建议与总结
用人单位应依法制定规章制度：
- 用人单位在制定考勤管理制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及公示的充分性。规章制度应明确漏打卡的处理方式，并确保扣除工资的比例合理且不低于最低工资标准。
劳动者应了解自己的权益：
- 劳动者应了解自己的权益和义务，在面对不合法的扣减工资行为时，积极采取措施维护自己的合法权益。同时，劳动者也应遵守用人单位的规章制度，按时打卡出勤，避免不必要的纠纷。
双方应共同努力构建和谐劳动关系：
- 用人单位和劳动者应共同努力，构建和谐稳定的劳动关系。用人单位应依法依规处理考勤问题，保障劳动者的合法权益；劳动者则应遵守用人单位的规章制度，积极履行自己的劳动义务。
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