结论前置：在合同纠纷中，若双方已明确约定仲裁条款，一般情况下不能直接向法院起诉，但存在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况时，可以向法院提起诉讼。

一、合同约定仲裁的一般原则

根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这一条款确立了仲裁协议排除司法管辖的基本原则。这意味着，如果合同中明确约定了仲裁条款，双方应优先通过仲裁方式解决争议，而不能直接向法院提起诉讼。

二、可以直接起诉的特殊情况

1. 仲裁协议无效

   • 根据《仲裁法》第十七条和第十八条的规定，若仲裁协议存在以下情形之一，将被认定为无效：

     • 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围（如婚姻、收养等身份关系纠纷）；
     • 无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议；
     • 一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议；
     • 仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议。

   • 当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。

2. 仲裁裁决被撤销或不予执行

   • 仲裁裁决作出后，如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
   • 若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。

三、实务操作建议

1. 审查仲裁协议有效性：在签订合同时，务必仔细审查仲裁条款，确保其真实意愿的表达，并明确约定仲裁机构和仲裁事项。在发生纠纷时，也应首先确认仲裁协议的有效性。

2. 遵守程序要求：若存在有效仲裁协议，应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并严格按照仲裁程序进行。只有在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况下，才能考虑通过诉讼途径解决争议。

3. 关注时效问题：无论是仲裁还是诉讼，都存在时效问题。一般来说，仲裁时效和诉讼时效通常为三年（具体依合同约定或法律规定），逾期可能丧失胜诉权。因此，在发生纠纷后，应及时采取行动，以免错过时效。

四、举例说明

• 案例1：甲公司与乙公司签订买卖合同，并明确约定了仲裁条款。发生纠纷后，甲公司直接向法院起诉。法院在审查后发现存在有效仲裁协议，因此裁定不予受理甲公司的起诉。

• 案例2：丙与丁签订借款合同，合同中包含仲裁条款。但后来发现该仲裁条款因未明确约定仲裁机构而被认定无效。因此，当双方发生纠纷时，可以直接向法院提起诉讼。

综上所述，合同约定仲裁的情况下，一般不能直接起诉。但存在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况时，当事人可以向法院提起诉讼。在处理合同纠纷时，应充分了解并遵循相关法律法规及仲裁协议的具体规定，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。