商铺后门通小区是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否遵守了相关法律法规、城乡规划要求以及是否侵犯了业主的合法权益。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法情况
符合建筑规划：
- 如果商铺和小区的初始规划设计中就明确包含了商铺后门通往小区的设计，并且该规划已经过相关部门的审批通过，那么商铺后门的设置就是合法的。这种情况下，建设单位按照规划进行建设，属于合法行为。
- 即使初始规划没有这样的设计，但如果后期经过了有利害关系的业主（如商铺周边的小区业主）的同意，并且按照规定办理了相关的变更手续，如向规划部门申请变更规划并获得批准，向建设部门办理相关的施工许可等，这种情况下商铺后门通小区也是合法的。
不侵犯业主权益：
- 商铺后门的设置不应侵犯小区业主的合法权益，如不影响小区的安全、卫生、私密性等。若商铺后门的设计合理，且得到了相关业主的同意，同时不违反物业管理规定，那么这种设置就是合法的。
二、不合法情况
违反建筑规划：
- 若商铺建设完成后的实际情况与规划设计不符，擅自开设后门通往小区，且未经过规划部门的审批，这就违反了《城乡规划法》。根据该法规定，未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
不符合消防安全：
- 如果商铺后门通小区的设置不符合消防安全、建筑安全等相关规定，比如阻碍了消防通道畅通，影响了消防设施的使用等，那么该后门就可能被视为不合法。根据《消防法》规定，单位违反本法规定，占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口或者有其他妨碍安全疏散行为的，责令改正，处五千元以上五万元以下罚款。
侵犯业主共有权益：
- 商铺后门若占用公共通道、绿地等业主共有部分，就可能侵犯业主的合法权益。根据《民法典》关于建筑物区分所有权的规定，业主对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。因此，商铺后门若未经业主同意擅自开设，就可能构成对小区业主共有部分权利的侵犯，业主有权要求停止侵害、排除妨碍并赔偿损失。
违反物业管理规定：
- 不同的小区可能有不同的物业管理规定，对于商铺后门的管理也可能存在差异。如果物业管理规定明确禁止商铺开设后门通向小区，或者对后门的开设和使用有具体的限制和要求，商铺必须遵守这些规定，否则可能会面临物业管理方的处罚。
三、建议与措施
- 咨询相关部门：在开设或使用商铺后门前，建议咨询当地规划部门、消防部门以及物业管理公司等相关部门的意见，确保后门的设计、开设和使用均符合相关法律法规及物业管理规定的要求。
- 获得业主同意：如果商铺后门需要占用公共通道或绿地等业主共有部分，务必获得相关业主的书面同意，以避免侵犯业主的合法权益。
- 遵守物业管理规定：严格遵守物业管理规定中关于商铺后门的管理要求，确保后门的开设和使用不会对小区的安全、卫生、私密性等造成不良影响。
综上所述，商铺后门通小区是否合法需综合考虑建筑规划、消防安全、业主权益及物业管理等多方面因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。