在处理肇事司机不是车主的交通事故赔偿问题时，我们需要综合考虑多个因素，包括事故责任、保险情况以及车主是否存在过错等。以下是对这一问题的详细解答：
一、责任主体认定
一般原则：
- 赔偿责任通常依据“运行支配”和“运行利益”两个标准来确定。即，谁对车辆的运行具有支配和控制权利，以及谁从车辆运行中获利，谁就可能需要承担赔偿责任。
具体情形分析：
- 租赁、借用等情形：如果车主将车辆租赁或借给他人使用，且发生交通事故时属于机动车一方责任，那么通常由机动车使用人（即肇事司机）承担赔偿责任。但如果车主在出借过程中存在过错，如明知车辆有故障仍出借，那么车主也需承担相应责任。
- 车辆被盗抢：如果车辆被盗抢后发生交通事故，那么由盗窃人、抢劫人或抢夺人承担责任。如果与机动车使用人不是同一人，则两者承担连带责任。此时，保险人垫付抢救费用的，有权向责任人追偿。
- 未经允许驾驶：如果未经允许驾驶他人机动车发生事故，由机动车使用人承担责任。但如果机动车所有人、管理人存在过错，如未妥善保管车辆，也需承担相应责任。
- 转让拼装或报废车辆：如果转让拼装或报废机动车发生事故，转让人和受让人需承担连带责任。
- 雇佣关系：如果肇事司机与车主为雇佣关系，车主通常需承担赔偿责任。但如果司机故意或过失造成事故，两者需承担连带责任，车主在承担责任后可以向司机索赔。
二、事故处理流程与赔偿方式
确保安全与报警：
- 发生事故后，首先要确保人员安全，并及时报警。等待交警勘查现场并出具交通事故责任认定书，这是确定赔偿责任的基础。
联系保险公司：
- 及时联系车辆保险公司，向其报案并申请理赔。车辆若购买了交强险和商业险，且事故发生在保险期内，保险公司应在责任限额内先行赔偿。
协商赔偿：
- 根据责任认定结果，受害者与肇事司机、车主及保险公司协商赔偿项目和金额。赔偿项目包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、营养费等。
提起诉讼：
- 如果协商不成，受害者可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求相关责任方承担赔偿责任。在诉讼过程中，需要提供充分证据支持诉讼请求。
三、特殊情况与建议
- 车主无过错情形：如果车主在借车过程中无过错，如肇事司机有合法驾驶资格、车辆符合安全运行条件等，那么一般由肇事司机承担赔偿责任。
- 车主有过错情形：如果车主存在过错，如明知肇事司机无驾驶资格、车辆有故障仍出借等，那么车主需与肇事司机共同承担赔偿责任。具体责任比例根据车主的过错程度确定。
- 建议：在处理此类事故时，建议受害人和相关责任人及时咨询专业律师或法律顾问。他们可以提供专业的法律意见和帮助，确保自身权益得到充分保护，并依法履行赔偿责任。
综上所述，当肇事司机不是车主时，赔偿责任的确定是一个复杂的过程，需要综合考虑多个因素。通过明确责任主体、遵循事故处理流程、依法进行赔偿，并咨询专业律师或法律顾问的建议，我们可以更好地处理这类交通事故赔偿问题。